ScienceLinx highlight following a paper in Nature Methods:
Komt een molecuul in een café…
Je zit in een druk café en kijkt een beetje rond. Dan valt je blik op een ontzettend lekker stuk. Hij kijkt ook in jouw richting, er is oogcontact en een vonk springt over. Je wilt naar hem toe, zo snel mogelijk, maar de andere gasten blokkeren je pad. Nu weet je hoe een gemiddeld molecuul in je cellen zich voelt.
Er is nogal wat chemie tussen de moleculen in een cel, ze willen graag met elkaar in contact komen. Biochemici bestuderen de reacties tussen moleculen in hun reageerbuizen, maar de condities bij zo’n laboratoriumexperiment verschillen doorgaans nogal van die in een echte cel. ‘Een cel zit boordevol moleculen’, legt RUG-hoogleraar biochemie Bert Poolman uit. En net als die twee mensen in het drukke café kunnen de moleculen zich daarom niet zo vrij bewegen. ‘De diffusiesnelheid in cellen is doorgaans veel lager dan in een reageerbuis.’
Een reden waarom biochemici hun experimenten niet doen in een realistisch milieu is een gebrek aan informatie over de ‘drukte’ in cellen. ‘Die moet je schatten op basis van het gemiddelde volume van cellen en de gemiddelde concentratie van stoffen’, legt Poolman uit. Zulke schattingen zijn niet heel nauwkeurig. ‘Denk maar aan de bezoekers van een popconcert: bij het podium staan die zo dicht opeen gepakt dat ze zich bijna niet kunnen bewegen. Maar verder naar achteren is er veel meer ruimte.’........