Membrane orientation of small multidrug resistance proteins

Magdalena Anna Kolbusz

Research output: ThesisThesis fully internal (DIV)

Abstract

Oriëntatie eiwitten van de Small Multidrug Resistance familie in het membraan Het proefschrift van Mariska Kolbusz beschrijft de oriëntatie van eiwitten van de Small Multidrug Resistance (SMR) familie in het membraan en de correlatie tussen oriëntatie en de verdeling van positief geladen aminozuur residuen over de intra- en extracellulaire loops van de eiwitten. De ‘positive-inside’ regel stelt dat de meeste positief geladen residuen zich aan de cytoplasmatische kant bevinden en dat dit de oriëntatie bepaalt. De SMR-familie bevat twee typen eiwitten: ‘singles’ en ‘pairs’, die respectievelijk gecodeerd worden door een enkel gen of door een paar genen. Het EmrE-eiwit, een ‘single’, inserteert in het membraan in beide oriëntaties (zogenaamde ‘dual topology’). Om te bestuderen hoe representatief EmrE is voor de SMR eiwitten, bepaalde Kolbusz de oriëntatie van negen ‘singles’ en negen ‘pairs’ uit deze familie. Alle ‘singles’ inserteerden zoals EmrE met ‘dualtopology’. De analyse van de verdeling van de positief geladen residuen over de loops gaf aan dat er een goede correlatie met de oriëtatie was, maar er waren ook uitzonderingen. De twee eiwitten van de ‘pairs’ inserteerden weliswaar met een vaste oriëntatie, maar die was omgekeerd dan voorspeld door de positieve ladingsverdeling. Een gedetailleerde analyse van de rol van positief geladen residuen op de oriëntatie liet zien dat verschillende residuen de orientatie met verschillende sterkten beïnvloeden en dat andere, onbekende factoren de oriëntatie mede bepalen. Een genoom-analyse van negenentwintig Escherichia coli stammen toonde aan dat in tien stammen een langere versie van EmrE aanwezig is. De langere versie bevat vijf membraanspannende segmenten in plaats van vier en inserteert in één oriëntatie in het membraan in tegenstelling tot de normale versie. De functie van de lange versie is onbekend en moet verder onderzocht worden.
Original languageEnglish
QualificationDoctor of Philosophy
Supervisors/Advisors
  • Driessen, Arnold, Supervisor
  • Slotboom, Dirk, Supervisor
Award date19-Nov-2012
Place of PublicationGroningen
Publisher
Print ISBNs9789461821829
Publication statusPublished - 2012

Keywords

  • Proefschriften (vorm)
  • Biologisch transport
  • Moleculaire evolutie
  • Escherichia coli
  • Orièentatie (exacte wetenschappen)
  • MRP2
  • MRP1
  • Membranen
  • microbiologie
  • farmacologie (geneeskunde)

Cite this