Mit ihrer im Juli 2009 beschlossenen Exzellenz-Initiative unterstützt die Prof. Dr. Werner Petersen-Stiftung Aktivitäten der Christian-Albrechts-Universität Kiel zur Stärkung wissenschaftlicher Schwerpunkte und herausragender Profile insbesondere im Bereich der Meereswissenschaften. Die Stiftung will mit ihrer Initiative zur Profilstärkung am Wissenschaftsstandort Kiel nachhaltig beitragen. Neben Förderung und Ausbau der wissenschaftlichen Exzellenz setzt die Intensivierung der internationalen Kooperation mit ausgewiesenen Fachzentren einen besonderen Akzent.
Im Rahmen der Initiative können hochkarätige Meereswissenschaftler aus aller Welt für Gastaufenthalte von etwa sechs Wochen nach Kiel eingeladen werden. Die Umsetzung der Initiative erfolgt am GEOMAR Helmholtz-Zentrum für Ozeanforschung Kiel. Der Gastaufenthalt umfasst Fachkurse (short courses) für den wissenschaftlichen Nachwuchs, öffentliche Vortragsveranstaltungen und die Projektierung gemeinsamer Forschungsvorhaben mit Kieler Fachkollegen. Die Auszeichnung ist mit jeweils 20.000 Euro dotiert. Bis heute konnten 25 international renommierte Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler ausgezeichnet werden. 2018 wurde ferner der Abenteurer Arved Fuchs mit einer außerordentlichen Petersenprofessur für sein Engagement zum Klimaschutz und Erhalt des fragilen polaren Ökosystems geehrt.