Activity-based and targeted analyses of matrix metalloproteases

Laurette Marie Prely

Onderzoeksoutput: Thesis fully internal (DIV)

575 Downloads (Pure)

Samenvatting

Matrixmetalloproteïnases (MMP's) zijn bij een groot aantal pathologische processen betrokken die gerelateerd zijn aan een verstoring van hun proteolytische activiteit. Daarom is de meting van actieve MMP's nuttiger voor de karakterisering van biologische of pathologische voorvallen, dan de bepaling van het totale overschot. Het doel van dit PhD-project was de ontwikkeling van analytische technieken ter controle van MMP-activiteit. Daarvoor is onderzoek gedaan naar fotogevoelige labeling , absolute kwantificering met massaspectrometrie in de Selected Reaction Monitoring (SRM) modus, en naar op activiteit gerichte verrijkingstechnieken. Het labelen met een S1’ fotogevoelige, op activiteit gerichte probe en het katalytisch domein van recombinant MMP-12, resulteerde in een verhouding van 1:1 (hoofdstuk 2). Daarnaast kon het gelabelde eiwit geconcentreerd worden met monomere avidine deeltjes, gebaseerd op de biotine keten die deel uitmaakt van de probe. De karakterisering van de aminozuur(en) die vastgehouden worden door covalente binding(en) met de kunstmatige probes wordt nog onderzocht. Door de toepassing van LC-MS/MS (SRM modus) is er een doelgerichte analyse van MMP-9 in bronchoalveolaire lavage vloeistof (BALF) ontwikkeld (hoofdstuk 3) . Deze SRM analyse maakt de absolute kwantificering van MMP-9 naar het lage ng / mL niveau mogelijk. De ontwikkelde analyse werd aangepast voor MMP-12 door het meten van een andere set van signatuurpeptiden. Met behulp van deze bepaling wordt de activiteit van MMP-9 nog nietgeanalyseerd, Daarom werd de op activiteit gerichte opzuiverbenadering gecombineerd met de MMP-9 en MMP-12 SRM analyse (hoofdstuk 4). We hebben deze methodologie verder uitgebreid door de peptiden die behoren tot het pro-domein van MMP-9 alsmede die van de belangrijkste endogene remmer van MMP-9, TIMP-1 te meten. Tenslotte worden de voor- en na-delen van de ontwikkelde technieken en hun potentieel voor automatisering besproken (hoofdstuk 5).
Originele taal-2English
KwalificatieDoctor of Philosophy
Toekennende instantie
  • Rijksuniversiteit Groningen
Begeleider(s)/adviseur
  • Bischoff, Rainer, Supervisor
  • van Oosterhout, Antoon, Supervisor
Datum van toekenning28-okt-2013
Plaats van publicatieGroningen
Uitgever
Gedrukte ISBN's9789036764421
Elektronische ISBN's9789036765893
StatusPublished - 2013

Citeer dit