Coarse-grained molecular dynamics simulation of transport through the nuclear pore complex

Ali Ghavami

Onderzoeksoutput

1213 Downloads (Pure)

Samenvatting

Dit proefschrift is gewijd aan het mechanisme van Nucleo - cytoplasmatisch transport openbaren door grofkorrelige moleculaire dynamica simulaties van ontvouwen eiwitten in de nucleaire porie complex (NPC) . NPC's zijn zeer selectief poorten, die alle transporten over nucleaire envelop controleren . De grofkorrelige model wordt gebruikt om een ​​aantal vragen over de rol van de ongeordende FG - Nups in Nucleo - cytoplasmatisch transport pakken . Onze resultaten tonen aan dat de verdeling van de FG - Nups vormt een specifiek patroon binnen de porie bestaat uit een gebied van lage dichtheid in het centrum van de porie omgeven door een hoge dichtheid meer naar het skelet van de NPC , die rijk is aan FG - herhalingen . Verder is onze analyse blijkt dat de specifieke donut - achtige verdeling van de FG - Nups binnen de porie is een kenmerk voetafdruk van levensvatbare NPC en gecodeerd in de aminozuursequentie van de FG - Nups . Het bestuderen van de energiebalans van transport voor model ladingen blijkt dat de kans vervoer afneemt als de grootte van de lading dan 4.7 nm . Echter, de energiebarrière van de NPC worden verlaagd door toevoeging verbindingsplaatsen op het oppervlak van de lading .
Originele taal-2English
KwalificatieDoctor of Philosophy
Toekennende instantie
  • Rijksuniversiteit Groningen
Begeleider(s)/adviseur
  • Onck, Patrick, Supervisor
  • van der Giessen, Erik, Supervisor
Datum van toekenning23-mei-2014
Plaats van publicatie[S.l.]
Uitgever
Gedrukte ISBN's978-90-367-7039-2
Elektronische ISBN's978-90-367-7038-5
StatusPublished - 2014

Citeer dit