Efficient biosynthetic incorporation of tryptophan analogues, and spectroscopic characterization of tryptophan-analogue labelled LysM proteins

Tryptofaan toepassen in fluorescentiespectroscopie Dejan Pétrovic verrichtte onderzoek naar de vraag hoe het aminozuur tryptofaan kan worden toegepast in fluorescentiespectroscopie, een onderzoeksmethode die in de laatste decennia belangrijk is geworden in de levenswetenschappen. Tryptofaan (Trp) heeft eigenschappen die maken dat het erg geschikt is voor het bestuderen van eiwitstructuren en eiwitdynamica. Deze eigenschappen kunnen in de praktijk echter alleen optimaal benut worden als gezuiverd eiwit met slechts 1 of 2 Trp-residuen gebruikt wordt. Eén mogelijkheid om een mengsel van eiwitten m.b.v. fluorescentie te bestuderen is het vervangen van een specifieke Trp in één van de eiwitten door een Trp-analogon. Vanwege de aanwezigheid van een onnatuurlijk aminozuur worden deze eiwitten ook wel alloproteïnes genoemd. Eén van de doelen van het promotieproject was te onderzoeken of Trp-analogon bevattende eiwitten gebruikt kunnen worden als moleculair herkenningselement in een biosensor. Daarnaast zijn een aantal nieuwe procedures ontwikkeld voor de productie van alloproteïnes. Tot nu toe was er geen gevoelige spectroscopische methode voorhanden om de interactie tussen LysM domeinen en de celwand direct te kunnen volgen. In hoofdstuk 2 wordt een fluorescentiemethode gepresenteerd waarmee deze interactie gevolgd kan worden. In hoofdstuk 3 wordt een Lactococcus lactis Trp auxotroof expressie systeem beschreven dat de biosynthetische inbouw van Trp-analoga met grotere substituenten mogelijk maakt. In hoofdstuk 4 worden experimentele data gepresenteerd over de emissietoestand van vrij 5HI en 5HW, en van 5HW ingebouwd in een eiwit. Hieruit blijkt dat in de meeste gevallen 1Lb de emissietoestand is. Echter, één eiwit vertoont zowel 1La en 1Lb emissie.